Прототип знаменитого красноармейского нагана был создан в бельгийском городе Льеж в небольшой семейной мастерской под гордым названием «Оружейная фабрика Эмиля и Леона Наган» («Fabrique d’armes Emile et Léon Nagant»). Фабрику основали в 1859 г. братья Наган (Nagant), которые занимались ремонтом голландских револьверов и попутно разрабатывали собственные модели огнестрельного оружия.

В 1878 г. старший из братьев, Эмиль Наган представил в бельгийское военное ведомство шестизарядный «револьвер 1878 года» калибра 9 мм, оснащенный так называемым «механизмом двойного действия». Курок взводился либо автоматически при нажатии на спусковой крючок, либо вручную. Это позволило бельгийцам иметь на вооружении две модели револьвера: старшие офицеры пользовались оружием с «самовзводом», а унтер-офицеры, пехота, кавалерия и вспомогательный состав вынуждены были после каждого выстрела взводить курок вручную. Последний вариант получил название «9-мм револьвер Наган М1883».

Серьезным недостатком в конструкции револьверов на тот момент был прорыв пороховых газов между казенным срезом ствола и передним торцом барабана. В 1892 году Леон Наган конструирует ставшую позднее классической модель револьвера Нагана с системой обтюрации пороховых газов, принцип которой разработал бельгийский конструктор Генри Пипер.

Револьвер Нагана получил широкое признание в армиях различных стран. Переделанная под швейцарский 7,5-мм патрон бельгийская модель М1883 была принята на вооружение в армии Люксембурга. А шведская армия не только закупала револьверы Нагана модели 1886 года под 7,5-мм патрон, но и с 1897 года стала сама их производить в городе Хускварна. Только в период с 1898 по 1905 гг. шведы произвели 13732 единицы «револьвера Наган М1887». Сербы и норвежцы, в свою очередь, также принялись обеспечивать свою армию уже модифицированной шведами «моделью 1893». 12,5 тысяч револьверов для Норвегии было произведено в Льеже, 350 единиц в Хускварне и несколько единиц в норвежском Конгсберге. Даже военно-морской флот Аргентины заказывал на фабриках Германии револьверы Нагана под американский калибр .440.

Появление качественного скорострельного оружия не осталось незамеченным и в России. Как раз в конце XIX в. назрела необходимость в массовом перевооружении российской армии. Был объявлен конкурс, призом которого являлся огромный госзаказ от Российской Империи на поставку оружия. Естественно, что наиболее известные оружейники мира поспешили принять участие в состязаниях. В соответствии с условиями конкурса Леон Наган опять был вынужден убрать «самовзвод» и переделать оружие под русский калибр 7,62-мм. Основным противником Нагана был Генри Пиппер с моделью револьвера М1889 «Байяр». Правда, жизнь Нагану облегчал тот факт, что он уже получал награды от российского военного ведомства — премию 200 тысяч рублей золотом по результатам конкурса винтовок.

В итоге лучшим был признан револьвер Нагана. Оружейник затребовал за патент на свой револьвер по тем временам огромную сумму — 75 тысяч рублей. Российские военные платить не стали, а назначили повторный конкурс, определив при этом премию в 20 тысяч рублей за конструкцию револьвера, 5 тысяч за конструкцию патрона, а также получение Россией всех прав на модель-победитель, в том числе и на производство как у себя, так и за границей, без каких-либо дополнительных выплат изобретателю.

И снова револьвер Нагана оказался лучшим. По просьбам офицеров был возвращен «механизм двойного действия». В итоге на вооружение русской армии, как и бельгийской, поступило два варианта револьвера Нагана: офицерский двойного действия и солдатский несамовзводный. Конструкция револьвера уже в русском варианте окончательно была утверждена весной 1895 года, а 13 мая этого же года указом Николая II револьвер Наган был принят на вооружение.

Правда, по условиям контракта Россия должна была закупить в течение трех лет 20 тысяч револьверов, произведенных на фабрике «Леон Наган и Ко» в Люттихе (Льеж, Бельгия). Зато бельгийская сторона обязана была предоставить инструменты и лекала для запуска производства револьверов в России.

В 1897 году Леон Наган дарит револьверы изготовления собственной фабрики царю, генерал-фельдцейхместеру великому князю Михаилу Николаевичу и военному министру, видимо, рассчитывая получить дополнительные заказы на поставки оружия из Бельгии. Однако в этом же году выходит указ о закупке американских и английских станков для установки таковых на Императорском Тульском оружейном заводе, а уже к июню 1901 г. выпущено 90 тысяч револьверов отечественного производства. При этом, если закупочная стоимость бельгийского револьвера составляла 30-32 рубля, то тульский «наган» стоил всего 22 рубля 60 копеек. Госзаказ на пятилетку с 1895 по 1904 год составил 180 тысяч единиц оружия. По времени изготовление одного такого револьвера занимало 30 станко-часов.

Одно из первых боевых крещений российского варианта «нагана» произошло 3 июня 1900 г. при усмирении русскими войсками так называемого «восстания боксеров» в Китае.

В 1903 г. производство револьверов резко снизилось. Но когда началась Русско-Японская война, тульским оружейникам было предписано изготовить 64 830 «наганов», удалось же выпустить лишь 62 917 единиц. А согласно решению созданной после войны в 1908 году комиссии, револьверы стали производиться только по заказам конкретных воинских частей.

Перед Первой мировой войной на базе «нагана» 1895 года был разработан карабин с длиной ствола 300 мм и неотъемным прикладом и револьвер с длинной ствола 200 мм и съемным прикладом. При этом производство наганов не прекращалось ни в революционные годы, ни во время Гражданской войны. Наган стал самым известным революционным оружием, а в русском языке фамилия оружейника стала именем нарицательным и наганом называли вообще любой револьвер. Только с 1918 по 1920 год было выпущено 175 115 револьверов Нагана.

В послереволюционной России на вооружении остался «офицерский» вариант нагана, с ударно-спусковым механизмом (УСМ) двойного действия. Устаревшими же револьверы Нагана были признаны только в 1930 году, после принятие на вооружение пистолета ТТ 1930 года. Однако производство их продолжалось вплоть до окончания Великой отечественной войны, да и после этого они еще оставались на вооружении вневедомственной охраны (ВОХР), в том числе у охраны железных дорог.

В 1920-х годах братья Митины разработали глушитель для нагана — так называемое «устройство Брамит», что позволило успешно использовать револьвер во время разведывательно-диверсионных операций РККА в ходе войны.

Во время Великой отечественной войны наган состоял на вооружении РККА, Войска Польского, 1-го Чехословацкого корпуса, румынской пехотной дивизии имени Тудора Владимиреску, югославской пехотной бригады, французского истребительного авиаполка «Нормандия-Неман». Всего же в России было выпущено более 2 миллионов револьверов системы Наган.